长木医学区是波士顿地区医疗与研究设施的集中地，包括贝斯以色列女执事医疗中心丶布莱根妇女医院丶儿童医院丶达纳-法伯癌症研究所和哈佛医学院。贝斯以色列女执事医疗中心和布莱根妇女医院都经历过合并：前者由贝斯以色列医院和新英格兰女执事医院合并而成，后者由彼得·本特·布莱根医院和波士顿妇女医院合并而成。麻省总医院（MGH）靠近灯塔山，附近还有麻省眼耳医院和斯保定康复医院。波士顿还有VA医学中心。

　　波士顿的许多医疗设施都与大学有关。长木医学区和麻省总医院是世界知名的医学研究中心，与哈佛医学院有关。新英格兰医学中心位于唐人街南部，与塔夫脱大学有关。波士顿医学中心位于南区，主要是波士顿大学医学院的教学医院，也是波士顿地区最大的外伤中心； 它是由波士顿大学医院和波士顿市立医院合并而成。